Hiện nay, Trung tâm Y tế Bạch Thông đã được đầu tư hệ thống phòng mổ gồm hai phòng mổ chính và các phòng hậu phẫu, phòng hồi sức, phòng dụng cụ và trang thiết bị máy móc hỗ trợ phẫu thuật hiện đại… Bước đầu các y, Bác sỹ của Trung tâm Y tế Bạch Thông sẽ được đội ngũ y, Bác sỹ Bệnh viện Đa khoa tỉnh trực tiếp hướng dẫn quy trình, kỹ thuật mổ, xử lý các ca phẫu thuật đơn giản như tháo đinh vít xương, bóc khối u,… sau đó sẽ tiếp nhận, xử lý các ca mổ thai sản và các ca phẫu thuật khác phức tạp hơn.
Việc đưa hệ thống phòng mổ vào hoạt động sẽ giúp cho người bệnh trên địa bàn toàn huyện và các huyện lân cận có cơ hội được điều trị kỹ thuật cao, giảm được chi phí và thời gian đi lại cho người bệnh; Đồng thời nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh tại Trung tâm Y tế tuyến huyện và từ đó sẽ giúp giảm tải cho các bệnh viện tuyến trên.